主題研究計劃的目的是集中大學教育資助委員會（教資會）資助大學的學術研究力量，對香港長遠發展具策略重要性的主題進行研究。

主題研究計劃設有四個研究主題，四個主題下共設有 20 個重大挑戰題目：

主題一：剖析疾病及疾病預防

1. 傳染病

2. 剖析發病機制以保障健康

3. 幹細胞與再生醫學

4. 疾病預防與管理

主題二：建設可持續發展的環境

1. 水污染及水處理

2. 可持續建築環境

3. 能源效率、節約、轉化及採集

4. 空氣質素

5. 食物生產及食物安全

主題三：加強香港作為地區及國際商業中心的策略地位

1. 香港作為國際金融中心的未來發展

2. 透過網絡能力推動香港商業發展

3. 推廣香港成為卓越的商業中心

4. 知識經濟中的創新生態與商業創意

5. 金融科技及監管科技

主題四：促進對香港起重要作用的新興研究及創新項目

1. 大數據及人工智能

2. 造像、機械人技術及智能製造

3. 城市基礎建設及智慧城市

4. 教育及數碼公民身分

5. 量子技術

6. 集成電路